對于陰離子交換色譜柱，通用有三種清洗方式，分別用于清洗酸溶性、堿溶性或有機污染物，在清洗過程中必須要確保嚴格按照清洗過程進行，否則會引起色譜柱的局部高壓而損壞色譜柱。對于有機溶劑清洗色譜柱，需要逐步減少有機溶劑的量以避免由于混合的流動相黏度的變化。